Tendance ces dernières années, le microbiote cacherait la réponse à de nombreuses maladies comme le diabète, la maladie de Crohn et même l'autisme.
Dans un premier temps, nous devons définir ce qu'est un microbiote, il s'agit des l'ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons ...) vivant dans un environnement spécifique qui est nommé microbiome. L'exemple le plus connu et à la mode est le microbiome intestinal, composé de millions de germes vivant en symbiose avec l'organisme.
L'étude du microbiote ou l'analyse du microbiome se fait par une méthode de séquençage appelée métagénomique. Elle permet de faire l'inventaire des espèces présentes dans un prélèvement.
La métagénomique consiste à séquencer le matériel génétique de tous les organismes présents dans l'échantillon. Cette méthode d'analyse n'a été possible que grâce aux évolution des technologies de séquençage à haut débit.
Deux stratégies d'analyse métagénomique existent qui seront détaillées ci-dessous.
A partir de différents types d'échantillons, tels que des prélèvements de fèces ou des écouvillonnages de peau ou de muqueuse, nous effectuons l'extraction du matériel génétique.
Une amplification des régions d'intérêt de l'ADNr 16S est réalisée grâce à des amorces spécifiques. Suivant le type d'échantillon et vos besoins, les régions amplifiées peuvent varier. Sur les prélèvements de fèces, l'analyse microbiome se fait en séquençant les régions V3 à V4 de l'ADNr 16S. Pour les écouvillonnage de peau, nous réaliserons l'analyse nous focalisant sur les régions V1 à V3.
L'amplification des fragments est ensuite réalisée à l'aide d'un appareil d'électrophorèse capillaire. La taille des fragments amplifiés étant connue, il est aisé de vérifier si l'amplification s'est correctement déroulée pour tous les échantillons.
Les librairies sont ensuite regroupées de façon à ce que chaque échantillon soit représenté de manière équivalente dans le mélange. Le séquençage se déroule ensuite sur notre appareil Illumina MiSeq. La cartouche de séquençage est adaptée en fonction du nombre d'échantillons et de la profondeur de séquençage souhaitée.
Dans le cadre de notre analyse microbiome par séquençage de l'ADNr 16S nous vous transmettons
- Un rapport d'analyse contenant les diverses informations sur les consommables utilisés et les différentes étapes réalisées.
- Les données de séquençages démultiplexées au format Fastq
Nous pouvons également vous fournir, après analyse bio-informatique de vos données de séquençage, l'assignation taxonomique et l'analyse phylogénétique des différents échantillons.
Des analyses bio-informatiques plus poussées peuvent être réalisées suivant vos besoins et sur demande.
Contrairement à l'analyse microbiome par séquençage des régions de l'ADNr 16S, la méthodologie par séquençage dites shotgun ou métagénomique shotgun, ne se focalise pas sur une partie de l'ADN extrait.
Dans cette méthode, les ADNs extraits sont fragmentés par un procédé chimique, mécanique ou enzymatique, en vue d'obtenir des fragments d'un taille définie (allant de 75 à 300 paires de bases).
Suite à la fragmentation, des adaptateurs contenant les amorces de séquençage et les index sont ajoutés aux fragments.
Les fragments sont ensuite séquencés et les données de séquençage sont comparées avec les génomes de référence afin d'établir la liste des organismes présents dans les différents échantillons.
Les résultats d'uné analyse shotgun métagénomique se présente de sous la forme suivante :
- Les séquences nucléotidiques annotées des génômes
- La profondeur de lecture reflétant le degré de fiabilité de chaque base
Nos prestations d'analyse de microbiome sont personnalisable et les dépenses engagées dans vos études sont éligibles au Crédit Impôt Recherche, dans les conditions définies pas services de l'Etat.
Ci-dessous, vous trouvrez une plaquette de présentation du service d'analyse microbiome par séquençage des régions V1 à V9 de l'ADNr 16S.
Nous sommes à votre écoute et disponible pour répondre à toutes vos question concernant nos service d'analyse de microbiome par séquençage d'amplicon ou par méthode shotgun.
