Vous avez besoin d'identifier l'ensemble des organismes vivant ou colonisant un milieu, un environnement ou un prélèvement donné, ou d'étudier la qualité microbienne d'un prélèvement.

Pour les organismes dont le génome est au moins partiellement séquencé, des marqueurs génétiques spécifiques de ces organismes dans l'échantillon peuvent-être amplifiés par PCR ou par PCR en temps réel.

Pour une appréciation à grande échelle, le séquençage haut débit de régions plus ou moins conservées entre les espèces sera privilégié par BIOMNIGENE, on parle alors d'étude du microbiome.